Баптизм возник в начале 17 века в Англии. Как известно, развитию Реформации способствовали два импульса. Первый исходил от светских властей, стремившихся сбросить гнёт католицизма и обрести независимость не только в религиозной, но и в государственной, экономической, социальной и культурной сферах жизни. Второй импульс исходил от богословов, отвергавших католицизм как искажённую веру. Их вдохновляли идеи восстановления истинной «апостольской» церкви.
В Англии Реформация преследовала, в общем-то, те же цели, что и на континенте. Однако английские короли раньше других европейских правителей (примерно с 12 века) начали протестовать против абсолютистских притязаний Рима. Первоначально инициатива принадлежала духовенству, требовавшему отменить грабительские папские поборы, нередко достигавшие половины доходов церквей, упразднить монополию Рима на назначение церковных иерархов и контроль над церковными судами. Начиная с 14 века в Англии издаётся целый ряд правительственных указов, постепенно ограничивающих власть папской номенклатуры. Ту же политику Англия проводит и в период Реформации. В 1534 году было запрещено приобретать в Риме хартии, причиняющие ущерб королевским прерогативам. Затем Ватикан был лишён права на интердикты (отлучения), так называемые «кары врачующие», бывшие самым сильным оружием папства в искоренении инакомыслия. А вскоре прямой контроль короля распространялся на всю деятельность английского духовенства. В том же 1534 году Папа Римский отлучил короля-реформатора Генриха Восьмого от Церкви. В ответ английский парламент лишает Папу права назначать архиепископов и епископов на территории Англии, а затем провозглашает короля «единственным верховным земным главой английской Церкви». Тогда же были ликвидированы и все монастыри. Так был заложен фундамент для появления англиканства.
Однако тот факт, что характер реформаторских нововведений в Англии определялся королевской властью, а внутрирелигиозная логика в процессе формирования англиканства была принесена в жертву политическим интересам, обусловил усиление радикальных элементов. Поэтому уже вскоре появилось движение так называемых пуритан (от латинского слова «purus» - «чистый»), выступавших за дальнейшее очищение господствующей церкви от «папизма». Они требовали упростить богослужение, поскольку оно во многом воспроизводило римско-католические ритуалы, отменить пышность культа и специальные священнические облачения (особенно во время причащения). Пуритане стремились также к реформам в организации Церкви, требуя заменить епископальную систему пресвитерианской, то есть местные церкви должны управляться пресвитерами, избираемыми членами общины.
Уже вскоре, однако, движение пуритан раскололось на два течения. В одно из них вошли пресвитериане, представлявшие интересы богатых торгово-промышленных кругов. Их программа «очищения» была скромной. Они признавали право светской власти надзирать за жизнью Церкви, поддерживать и защищать её путём законодательства и финансовой политики, преследовать «еретиков», выступающих против узаконенной Церкви. Пресвитерианам противостояли так называемые сепаратисты, или индепенденты (то есть «независимые») со своей гораздо более радикальной программой. Они считали, что истинная Церковь может быть создана только вне государственной церкви, и высказывались за полное отделение от неё. Индепенденты требовали полной независимости и самостоятельности каждой общины (конгрегации) в религиозных вопросах. Отсюда их ещё одно название – конгрегационалисты.
Конгрегационалисты отличались от пресвитериан и в определении состава Церкви. Пресвитериане полагали, что все люди, живущие на данной территории и крещённые в младенчестве, являются членами данной приходской церкви (parish church). Конгрегационалисты же разработали учение об общине истинно верующих (gathered church). Основу такой Церкви составляют люди «возрождённые», способные сознательно засвидетельствовать свою верность Христу. Дальнейшее развитие учения конгрегационализма и привело к возникновению баптизма.